Um 9.40 Ortszeit erschüttert ein gigantischer Erdstoß die Region rund um die Metropole. Kurz darauf folgt ein weiteres, zwei Minuten dauerndes Beben. Kirchen, Paläste, Brücken und Türme stürzen in sich zusammen. Durch eine dritte Erschütterung entsteht eine riesige Staubwolke, die den Himmel verdunkelt, bevor die Stadt in Flammen aufgeht.
Die massive Erschütterung ist in ganz Europa und bis nach Afrika zu spüren. In den Niederlanden und Schweden reißen Schiffe aus ihren Verankerungen, in Schottland und der Schweiz steigen die Wasserstände der Seen. Das Epizentrum des Erdbebens liegt einige hundert Kilometer vor der Küste im Bereich der Azorenschwelle. Es löst im Hafenbezirk Lissabons mehrere bis zu 15 Meter hohe Tsunamiwellen aus, die das gesamte Areal komplett überfluten.
Rund 60.000 der etwa 250.000 Einwohner sterben. Die verheerenden Folgen dieses Erdbebens hatten direkte Auswirkungen auf das geistige und kulturelle Leben in Europa. Naturwissenschaftler sahen schon damals die Ursache in unterirdischen Erdbewegungen. Diese Erklärungsversuche konkurrierten jedoch mit generalistischen Schuldzuweisungen der katholischen Kirche, die das Unglück als göttliche Strafe für die in ewiger Sünde verhafteten Menschen interpretierte.